L'INAT ha la finalità di riunire in uno spirito di collegialità e di mutua collaborazione le associazioni di categoria dei naturopati italiani confederandole intorno ad un progetto di unità in un sistema comune di formazione del naturopata e per il riconoscimento giuridico della professione in ambito nazionale ed europeo. In tal senso l'INAT si propone anche di promuovere la cultura naturopatica e il riconoscimento della Naturopatia quale Scienza e Conoscenza della Salute

Al fine di sostenere un progetto unitario di identità professionale l'INAT ha incorporato e fatto suo organo rappresentativo il Registro Unico dei Naturopati Italiani, nel quale le singole associazioni di categoria confederate potranno far confluire i nominativi dei propri iscritti, per poter costruire una forza numericamente sempre più visibile e contrattualmente interessante che possa costituire una realtà rappresentativa nel panorama socio-politico italiano.